Το παιδαγωγικό πρόγραμμα του Σταθμού  σχεδιάζεται  λαμβάνοντας υπόψη τη μοναδικότητα, τις ανάγκες, τα ενδιαφέροντα κάθε παιδιού, αλλά και τα χαρακτηριστικά κάθε ηλικίας, καθώς και τις ιδιαιτερότητες της περιοχής και τα ειδικά ζητήματα που έχουν διαπιστωθεί και διατυπωθεί στην Εθνική Στρατηγική Ανάπτυξης Ορεινών Κοινοτήτων. Η παιδαγωγική προσέγγιση βασίζεται σε σύγχρονες παραδοχές που ισχύουν στον ευρύτερο ευρωπαϊκό χώρο με σημείο αναφοράς α) το παιδί και β) τις πολιτιστικές και ανθρωπιστικές αξίες. Σύμφωνα με το πρώτο σημείο αναφοράς, την παιδοκεντρική προσέγγιση ο παιδαγωγός οφείλει να σέβεται τις αναπτυξιακές, ατομικές, κοινωνικές και πολιτισμικές διαφορές των παιδιών και των οικογενειών τους. Οι ώρες ελεύθερου παιχνιδιού σε εξωτερικό ή εσωτερικό χώρο, ανάπαυσης και χαλάρωσης προσδιορίζονται βάσει της ηλικίας των παιδιών, καθώς και των ατομικών και βιολογικών αναγκών τους. Στη βάση του δεύτερου σημείου αναφοράς, την ανθρωπιστική προσέγγιση, ο παιδαγωγός εντάσσει στην εκπαιδευτική του δραστηριότητα αξιακούς προσανατολισμούς του τόπου και της ευρύτερης ευρωπαϊκής κουλτούρας, θεματοποιεί πολιτισμικές διαφορές, προωθεί τον σεβασμό, την κατανόηση μεταξύ των ανθρώπων και στηρίζει την πνευματική και πολιτισμική ταυτότητα/ες των μαθητών.

Το Παιδαγωγικό πρόγραµµα θα ετοιµάζεται από το Επιστηµονικό Συµβούλιο του Ιδρύµατος σε συνεργασία µε Πανεπιστηµιακά Ιδρύµατα και το Παιδαγωγικό προσωπικό. Θα αναρτάται κάθε Σεπτέμβριο. Επίσης, θα ισχύουν ειδικά προγράµµατα, όπως περιγράφεται στο πλαίσιο λειτουργίας του σταθµού, για ορισµένες χρονικές περιόδους.

Με βάση τις ανάγκες της περιοχής, γενικότερες και ειδικότερες, η Επιστηµονική Επιτροπή και το Παιδαγωγικό Προσωπικό θα καθορίζουν τα προγράµµατα περιλαµβανοµένων των όποιων δραστηριοτήτων κρίνονται απαραίτητες ανεξαρτήτως βιωσιµότητας και µε µόνο προαπαιτούµενο την τεκµηρίωση της ανάγκης και την εκπλήρωση των στόχων λειτουργίας του Σταθµού. Με ευθύνη της Διοικούσας Επιτροπής του Ιδρύµατος αφενός θα διατηρούνται χαµηλά τα τροφεία τηρουµένων των προδιαγραφών Οικονοµικής Επιβάρυνσης αφετέρου θα προσελκύουν χρηµατοδοτήσεις για την λειτουργία του Σταθµού.

Ο Βρεφοπαιδοκομικός Σταθµός διέπεται από ένα ολοκληρωµένο πρόγραµµα αγωγής και φροντίδας, µε τη βοήθεια του οποίου εξασφαλίζεται η συναισθηµατική σταθερότητα και ο σωστός σχεδιασµός του µέλλοντος κάθε παιδιού.  Όλες οι ενέργειες και δράσεις αποβλέπουν κυρίως στο να δηµιουργήσουν στο παιδί τη βεβαιότητα ότι βρίσκεται σε περιβάλλον το ίδιο στοργικό και φιλικό µε το οικογενειακό περιβάλλον. Πέρα από τη βεβαιότητα αυτή, που αποτελεί βασική προϋπόθεση για την οµαλή πορεία του παιδιού, βαρύνουσας παιδαγωγικής σηµασίας στον ιστό του προγράµµατος του Βρεφοπαιδοκομικού Σταθµού είναι και τα παρακάτω, τα οποία αποτελούν αναπόσπαστο µέρος του υποχρεωτικού προγράµµατος. Το εκπαιδευτικό πρόγραµµα του Κοινοτικού Βρεφοπαιδοκομικού Σταθµού απευθύνεται σε όλα τα παιδιά του από την ηλικία των 2 µηνών µέχρι και την ηλικία υποχρεωτικής Εκπαίδευσης, το οποίο αναλόγως τροποποιείται ώστε να ανταποκρίνονται οι δραστηριότητες στην ηλικία κάθε παιδιού.

Οι παιδαγωγικοί στόχοι καθορίζονται από το Ίδρυμα Κοινωνικής Προστασίας ως αποτέλεσμα επιστημονικής μελέτης από το Πανεπιστήμιο Αιγαίου. Οι εκπαιδευτικοί στόχοι και το μορφωτικό πρόγραμμα θα παρακολουθείτε από το Επιστημονικό Συμβούλιο του Ιδρύματος και την Διοικούσα Επιτροπή. Η Διοικούσα Επιτροπή θα αξιολογεί το προσωπικό και τα μαθησιακά αποτελέσματα. Θα υποβάλλει προτάσεις για τροποποίηση/ ενίσχυση/ αναβάθμιση/ εμπλουτισμό κ.α. στο Επιστημονικό Συμβούλιο του Ιδρύματος. Κάθε τροποποίηση στο πρόγραμμα του παιδοκομικού σταθμού θα υφίσταται μόνο με την έγκριση του ιδρύματος.